Wie alle eingetragenen gemeinnützigen Vereine ist FOKUS eine demokratisch strukturierte Körperschaft. Höchstes Gremium ist die Mitgliederversammlung und ein fünfköpfiger Vorstand übernimmt die strategische Steuerung. Es gibt mehrere hauptamtliche Mitarbeiter, die an zwei unterschiedlichen Standorten eingesetzt sind. Die Geschäftsstelle ist für die Umsetzung von Projekten bzw. Vorhaben zuständig, außerdem ist der Verein an zwei Osnabrücker Schulen mit der Schulsozialarbeit betraut. Die Geschäftsführung erfolgt weitgehend durch die Mitarbeiter in den einzelnen Projekten mit Unterstützung der Verwaltungsfachkraft, der Geschäftstelle und des Vorstands.

FOKUS arbeitet so arbeitsmarktwirksam wie möglich.

In der Geschäftsstelle sind sechs Angestellte als Teilzeitkräfte tätig – einschließlich der Leitungspositionen! Auf diese Weise können wir mehrere unterschiedliche Kompetenzen in unserem Verein zusammenführen und wir setzen unser Personalbudget so effektiv wie möglich ein. Auch hierin zeigt sich das Selbstverständnis des Vereins. Bei personalintensiven kurzzeitigen Projekten werden die Wochenstunden flexibel  vorübergehend aufgestockt und anschließend wieder heruntergefahren. Wir nennen das unsere „JoJo-Arbeitszeiten“.